Nagato erzählt Naruto ausführlich über sein Leben, zudem es zu Narutos einige Parallelen gibt. Auch er hat seine Eltern früh verloren und musste sich allein durchschlagen. Bis er Freunde, wie Konan und Yahiko, den er als Vorbild sah, fand. Beide machten es sich zum Ziel, der Welt den dauerhaften Frieden zu bringen. Aber um dies zu erreichen, mussten sie große und mächtige Shinobi werden. Also machten sie sich auf, um die legendären Sannin zu finden und um von ihnen zu lernen. Jiraiya unterrichtete sie drei Jahre lang und überließ die Drei dann ihrem Schicksal. Sie gründeten eine Widerstandsgruppe und vereinbarten einen Frieden mit Hanzou, der sie aber mit den ANBU von Danzou aus Konohagakure hintergangen hat. Bei diesem Kampf starb Yahiko aus freiem Willen, um Konan zu schützen und Nagato beschwor das Gedou Mazou, mit dem er viele Ame-Nin und ANBU-Einheiten tötete. Seitdem ist Nagato Anführer der Organisation und an diesem Tag wurde Nagato auch zu Pain.
