Naruto und sein Team werden von Tsunade in das Tee-Reich geschickt, um dort eine Mission zu erfüllen. In diesem Land gibt es einen Wettbewerb, der zwischen zwei rivalisierenden Clans stattfindet. Der Gewinner stellt den Feudalherren für die nächsten vier Jahre. Doch dort scheint nicht alles mit rechten Dingen zuzugehen. Der Startschuss für das Rennen zum Todoroki-Schrein ist gefallen, doch Idate rennt nicht, wie erwartet, zum Hafen, sondern schlägt den Weg in den Wald ein. Naruto, Sakura und Sasuke verfolgen ihn und holen ihn irgendwann ein. Idate erklärt ihnen, dass er zum Hafen im Norden will, weil von dort aus die Strömung zu der Insel, die sie als erste Etappe erreichen müssen, günstiger ist. Sie besteigen ein Schiff, doch Oboro und seine Helfer sind ihnen auf den Fersen, um sie zu sabotieren. Es kommt zu einem Kampf auf dem Meer, doch es gelingt den Freunden, von Bord zu kommen. Idate hat es geschafft, sich an Land zu retten, nachdem ein paar von Fukusukes Schergen das Boot der Freunde angegriffen hatten. Doch am Ufer wartet ein größeres Problem auf ihn: Aoi Rokushou. Sein Erzfeind, der Idate damals ausgetrickst hat. Idate hat Konoha hintergangen, ohne es anfänglich zu wissen und als er den Trick durchschaut hatte, war es zu spät. Im Kampf mit Aoi wird Idate durch giftige Nadeln verletzt und kann sich nicht mehr bewegen. Damit scheint das Rennen zum Todoroki-Schrein für ihn gelaufen zu sein. Doch dann tauchen Naruto, Sakura und Sasuke wieder auf und die Dinge ändern sich. Idate fasst wieder Mut. Naruto gelingt es, Idate wieder ins Rennen zurück zu bringen. Doch Aoi, der für dessen Gegner Fukusuke arbeitet, ist ihm nach wie vor auf den Fersen. Naruto kann ihm nicht helfen, erfährt aber nun, wie es damals war, als Idate das Dorf Konohagakure hintergangen hat – es war Aois Plan und Idate ist auf ihn reingefallen und hat seinen Bruder Ibiki im Stich gelassen, was ihn bis heute belastet. Gerade noch rechtzeitig kommen Sakura und sasuke dazu, um gegen Aoi anzutreten, doch der besitzt das Schwert des Donnergottes. Das Rennen zum Todoroki-Schrein geht in die Endphase. Naruto hat Idate ein Stück weit getragen, doch nun will er allein weiterlaufen – und trifft prompt wieder auf Aoi, der versucht, ihn daran zu hindern. Sasuke will Idate zu Hilfe kommen, doch er wird von Aoi besiegt. Erst Naruto gelingt es, Aoi außer Gefecht zu setzen und Idate gewinnt das Rennen für den Wasabi-Clan – obwohl der Wagarashi-Clan noch im letzten Moment versucht, ihn durch eine Intrige disqualifizieren zu lassen. Nach dem Rennen kehren Naruto, Sakura und der verletzte Sasuke nach Konoha zurück um Sasuke behandeln zulassen.

Als Sakura, Naruto und Jiraiya aufbrechen, um Sasuke zu suchen, treffen sie auf der Suche nach Otogakure auf Sasame, einem Mädchen aus dem Fuuma-Clan. Sie erzählt ihnen, dass sie ihren Cousin Arashi von Orochimaru befreien will. Als sie Otogakure gefunden haben, werden sie sogleich von Orochimarus Handlangern, welche ebenfalls vom Fuuma-Clan stammen, angegriffen. Diesen Kampf können diese aber nicht gewinnen, da Naruto, Jiraiya und Sakura zu stark sind. Als sie schließlich in Orochimarus Versteck angelangt sind, werden Sakura, Naruto und Jiraiya getrennt und alle laufen in Fallen. Naruto und Sakura kämpfen gegen Kabuto, welcher sich aber als Kagerou entpuppt. Gemeinsam können sie ihn besiegen und treffen zum Schluss mit Sasame auf Arashi. Dieser wurde einer Gehirnwäsche von Orochimaru unterzogen und attackiert auch Sasame. Doch gemeinsam schaffen sie es, ihn zu besiegen. Danach bleibt er alleine im Versteck zurück, da er meine nicht mehr zurück zu dürfen. Die anderen schaffen es zu fliehen. Am Ende wird Sakura Schülerin von Tsunade und beginnt eine Ausbildung als Medizin-Ninja.

Mizuki taucht wieder auf und es kommt heraus, dass er von Orochimaru ein anderes Mal des Fluches bekam, als man sonst sah. Nachdem Mizuki mit Raijin und Fuujin aus dem Gefängnis und aus Konoha geflohen war, stahl er einige Medikamente, um sein Fluchmal zu vervollständigen. Er kämpfte wieder gegen Iruka und Naruto, und es sah dieses Mal besser für ihn aus, bis er dann in eine Falle tappte und von Naruto besiegt wurde. Da die Medikamente, die er stahl, allerdings nicht fertig waren, kam es zu einer Nebenwirkung, wobei das Mal seinen Körper nach dem Kampf angriff, weshalb es leicht war, ihn wieder nach Konoha zu bringen. Dort wurde er von Shizune behandelt, um anschließend wieder ins Gefängnis zu gehen.

Zusammen mit den besten Spür-Genins Hinata, Kiba und Shino soll Naruto einen speziellen Käfer, einen Bikouchuu, finden, da diese Käfer extrem gut Gerüche aufspüren können. Wenn ein Bikouchuu schlüpft, merkt er sich das allererste, was er riecht, und folgt von da an dem Geruch sein ganzes Leben lang. Mit dem Stirnband von Sasuke, an dem dessen Geruch noch hängt, will das Team so Sasuke wiederfinden. Nach einigen Finten finden die Vier letztendlich eine Bikouchuu-Larve, werden aber von drei Mitgliedern des Kamizuru-Clans aufgehalten, die ihrerseits den Käfer haben wollen. Um zu Verhandeln, kidnappen sie Hinata. Doch Hinata kann sich von alleine befreien und die Kamizuru-Clan-Mitglieder können in die Flucht geschlagen werden. Da schlüpft auch schon der Bikouchuu, dessen erster Geruch allerdings nicht der von Sasukes Stirnband ist, da Naruto es fallen ließ, sondern Narutos eigener Geruch, womit der Käfer ihm ab da auf Schritt und Tritt folgte.

Raiga kam mit Ranmaru in das Reich der Flüsse und übernahm die Kontrolle über eine Goldmine, sowie auch über die Betreiber und einige Dorfbewohner. Da die Goldmine vorher schlecht geführt wurde, waren viele Leute anfangs glücklich darüber, dass sich Raiga, einer der sieben Shinobi-Schwertkämpfer aus Kirigakure, um die Mine kümmern würde. Doch dies änderte sich schnell, da Raiga jeden, den er für einen Verräter hielt, lebendig begraben ließ und bei seiner Beerdigung so tat, als wären sie die besten Freunde gewesen und dabei noch weinte. Dies zeigte deutlich, dass Raiga nicht klar bei Verstand war, weshalb Hilfe aus Konoha gesucht wurde. Nach dem ersten Kampf Narutos mit Raiga belebte Ranmaru Raiga mit seinem Chakra wieder. Doch erklärte ihm Tenten später, dass er Raiga nicht brauche um weiterzuleben. Nachdem Raiga endgültig besiegt wurde, lebt Ranmaru in einem Curryladen bei Karashi und Sanshou und versucht, ein neues Leben anzufangen.

Kakashi, Neji, Tenten und Naruto bekommen eine neue Mission im Vogel-Reich. Dort soll ein Geist eines weißen Kriegers sein Unwesen treiben. Das Team bekommt den Auftrag, die Sache aufzuklären und den Geist zu vernichten. Die Konoha-Shinobi machen sich auf, einen Shinobi Namens Koumei zu treffen. Dieser hat vor, sich dem Geist alleine zu stellen, da der Geist sein Dorf vernichtet hatte. Als die Konoha-Shinobi auf ihn treffen, reagiert er nur kühl und lehnt die Hilfe der Shinobi ab. Neji meint dass ein Shinobi hinter der Sache mit dem Geist stecken könnte. Da niemand aus dem Vogel-Reich ihre Hilfe in Anspruch nehmen will, wollen Neji und Tenten nach Konoha zurüch, aber Naruto sucht auf eigene Faust nach dem Geist.Es kommt zum Kampf zwischen Kakashi und Nagare, sowie zwischen Naruto und Ooki. Toki, der später dazu kommt, stellte sich als Feudalherr heraus, und man erfährt, dass Sagi, der Sohn des verstorbenen Oowashi, der Geist war. Zusammen mit den anderen macht sich Naruto wieder auf den Weg nach Konoha.

Naruto, Shino, Ino und Anko als Teamführerin werden auf eine Mission ins Meer-Reich geschickt. Fischer erzählen, dass ihre Boote von einem Seemonster angegriffen worden sind, und dem sollen die vier nachgehen. Dort angelangt stoßen Naruto, Shino und Ino auf Isaribi, während Ankos längst vergessene Erinnerungen mit Orochimaru zurückkehren. Es stellt sich heraus, dass Amachi, ein Wissenschaftler von Orochimaru, den sogenannten Seeteufel erschaffen hat und er will eine Armee Fischmenschen erschaffen um die Welt zu erobern. Das wird in Kämpfe verwickelt, unter anderem mit Yoroi und Misumi, zwei Teilnehmern der Chunin-Auswahlprüfung. Amachi verwandelt sich derweil in einen Fischmenschen und berscwört durch das Kuchiyose no Jutsu Umibouzu, den Seeteufel. Naruto hat sich fest vorgenommen Amachi zu besiegen und ihn dazu zubringen Isaribi wieder zurück zuverwandeln was er jedoch in Gefangenschaft nicht schafft, also setzt er das Chakra des Kyuubi frei. Er ruft Gamabunta und mit seiner Hilfe kann Naruto den Kampf schnell für sich entscheiden.

Naruto, Neji, Lee und Tenten werden nach Hoshigakure geschickt, da diese Konoha um Hilfe gebeten haben. Dort angekommen, treffen sie auf Sumaru, der sie dort abholt und zum Hoshikage führt. Naruto und Sumaru gehen gemeinsam zum Ausbildungszentrum, wo die Ninja lernen, die Macht des Sternes zu nutzen, doch als sie dort ankommen, ist der Stern verschwunden und die Ninja liegen bewusstlos am Boden. Das Team macht sich auf die Suche nach dem Stern, findet den Dieb aber nicht und geht dann zu Akahoshi. Später wird Sumaru von Akahoshi entführt und Akahoshi kämpft gegen Natsuhi, die Mutter von Sumaru. Es stellt sich heraus, dass Akahoshi den 3.Hoshikage getötet hat. Um ihren Sohn zuretten gibt Natsuhi Akahoshi den Stern, mit er sich umgehend verschmiltzt. Nachdem Akahoshi Natsuhi getötet hat, greift Naruto ihn an und es sieht schlecht für ihn aus. Doch kommt Natsuhis Geist Naruto zur Hillfe und gemeinsam besiegen sie Akahoshi. Dabei zerbricht auch der Stern womit niemand mehr das gefährliche Training ausführen kann. Später sind die Genin aus Hoshi in Konoha und werden dort behandelt

Naruto, Hinata und Choji müssen eine Gruppe Händler im Gemüsereich beschützen. Doch es kommt zu Schwierigkeiten und Kikunojou starb beim Versuch Haruna zu beschützen. Es stellt sich heraus, dass Haruna die Prinzessin des Gemüsereichs ist. Doch anstatt sich auszuruhen kommt es zum Kampf zwischen den Konoha-Ninjas und Ruiga, doch sie können ihn besiegen. Doch sie kommen vom Regen in die Traufe, da Jiga, der Bruder von Ruiga, auftaucht und mit seinem Magnetismus Hinata ganz schön quält, aber Hinata lässt sich nicht unterkriegen und besiegt ihn. Naruto versucht um jeden Preis, die Prinzessin vor Renga zu beschützen, doch gelingt es ihm nicht ihn zu besiegen. Renga feuert, mit seiner Kristall Technik, einen Strahl auf Naruto, plötzlich lenkt dieser den Strahl mit seinem Stirnband auf Renga und verletzt ihn an seiner Schulter. Plötzlich tauchen Shizune und Shikamaru auf um Renga festzunehmen. Kurz bevor die Ninja abreisen, fragt Haruna Naruto ob er nicht bei ihr bleiben will, um das Grüne Land wieder aufzubauen.

Gennou ist ein sehr kluger Stratege, der aus Tonbogakure stammt. Nach einiger Zeit, die er in Konohagakure verbrachte, lernte er Naruto kennen. Schließlich versetzt er ganz Konoha in Aufruhr, als ein von ihm entwickeltes Explosionssiegelnetzwerk entdeckt wurde. In Wirklichkeit hatte er den Plan, Konoha zu zerstören, jedoch schon lange aufgegeben. Er wollte Naruto und seinen Freunden nur eine sehr schwere Aufgabe stellen, wie er es damals immer bei seinem Enkel getan hatte, der Naruto sehr ähnlich sah. Am Ende stirbt er allerdings, da er schon sehr alt ist.

Ein fremdes Mädchen taucht in Konoha auf und steckt das Haus des Hokage, durch ein Gen-Jutsu in Brand. Es stellt sich heraus, dass das Mädchen früher die Schülerin von Kurenai war und diese gibt sich die Schuld dafür, dass sie zurückgekehrt ist und deshalb will sie ihr helfen. Kurenai muss eine Entscheidung treffen - Team 8 verlassen oder nicht. Kurenai, hat eine Entscheidung getroffen und verlässt Team 8. Als Kurenai am Ziel ist und das Haus erreicht hat, indem Yakumo ist, wird sie von Ninjas vom Kurama-Clan angegriffen. Derweil Versuchen Gai, Naruto, Sakura und Team 8 ins Haus des Kurama-Clan eizudringen. Dabei geraten sie in ein Gen-Jutsu, das Yakumo erstellt hat. Endlich drinnen angekommen erfahren sie, dass in Yakumo ein Dämon lebt. Naruto und Kurenai können Yakumo aber davon überzeugen, dass nur sie es ist, die den Dämon in ihr besiegen kann. Schließlich gelingt es Yakumo ihren inneren Dämon zu besiegen.

Seimei war der Gründer von Takumigakure, einem Dorf, welches Waffen an andere Nationen anfertigte und verkaufte. Als Takumi einmal Hilfe brauchte, wurden sie von den anderen Nationen ignoriert. Takumigakure dachte, dass seine Waffenqualitäten nicht anerkannt wurden und griff Konohagakure an. Dabei wurden fast alle Takumi-Nin besiegt und auch Seimei starb dabei. Die letzten vier Takumi-Nin, die Shitenshounin, versuchen Seimei wiederzubeleben. Dies gelang ihnen, indem sie das Chakra von Gaaras Ichibi für die Wiederbelebung benutzen. Prompt nachdem Seimei von Shukakus Chakra gestärkt ins Leben zurückkehrte, erklärte er den fünf großen Nationen den Krieg. Er verschmolz sich mit den Waffen der Shitenshounin, was ihm im Kampf gegen Gaara aber nichts half. Er wurde von ihm besiegt.

Kakashi ist wieder fit und will mit Naruto ein Sondertraining durchlaufen, damit Naruto sein eigenes Jutsu erfindet und es das nächste Mal schafft, Sasuke aufzuhalten. Dabei soll Yamato aufpassen, dass sich das Kyuubi-Chakra von Naruto nicht erneut aktiviert. Naruto lernt, seine Schattendoppelgänger besser einzusetzen und lernt, was sein Naturchakra ist, und zwar Wind (Fuuton). Um Ratschläge zu erhalten, wie man dieses Element am besten beherrscht, fragt Naruto Asuma, der ihm einige Tipps gibt. Bald darauf macht sich Naruto daran, das Rasengan zu vollenden, was selbst der 4. Hokage nicht mehr schaffte.
Durch eine dringende Mission wird aber Team Kakashi zum Feuertempel geschickt, während Asuma und sein frühres Team 10 niedergebrannte Dörfer untersuchen soll. Kakashi soll derweil Jiraiya helfen, Informationen über Akatsuki zu sammeln. Beim Feuertempel treffen sie auf Chiriku und den jungen Mönch Sora, der ein Geheimnis hat. Chiriku erklärt, dass die vier Körper von den 12 Elitewächtern, die damals mit ihm und Asuma den Putsch der abtrünnigen Elitewächter verhinderten, gestohlen werden. Team Kakashi macht sich mit Chiriku und Sora auf, die Diebe zu fangen, doch werden sie durch ein Gebirge, welches die Feinde beschworen haben, voneinander getrennt. Sora trifft dabei auf Furiido, wobei es zu einem Kampf kommt, doch unterbricht Sora den Kampf, um Naruto zu helfen, der in Schwierigkeiten steckte. Die Feinde flohen daraufhin. Sai wurde während dieses Hinterhalts verletzt, womit nun Sora dessen Platz einnehmen soll und mit Team Kakashi nach Konohagakure geht. Asuma erklärt Tsunade, dass er bei den Dörfern viele Ame-Symbole fand, was Krieg bedeuten könnte. Währenddessen brennt und zerstört Furiido weitere Dörfer nieder und lassen es wie Anschläge von Ame aussehen. In der Zwischenzeit nimmt Naruto sein Windchakra-Training auf, was von Asuma beobachtet wird und an dem auch Sora teilnimmt. Sora findet in Naruto und Asuma richtige Freunde, bis Furiido auftaucht und ihm verrät, dass Asuma Soras Vater getötet hat. Sora schließt sich später Furiido an, um so Rache an Asuma zu bekommen. Außerdem erzählte Furiido Sora, dass sein Vater nur wollte, dass es nur einen Herrscher geben solle, womit der Hokage überflüssig gewesen wäre. Sora verübte dann einen Anschlag auf Tsunade, der abgewehrt werden konnte. Gleich daraufhin kam es zu einem Stromausfall, Furiidos Leute sperrten Konohagakure in eine Barriere und ließen ihre Opfer als Zombies auferstehen. Die vier Elitewächter wurden ebenfalls wiederbelebt, um das gesamte Dorf zu vernichten. Doch nachdem Asuma einen besiegte, waren die anderen nutzlos und somit das Wiederbelebungsjutsu aufgelöst. Nachdem Sakrua, Yamato und Naruto Furiidos Leute auch besiegten, schien dieser am Ende erst recht in der Klemme zu stecken, als sich auch Sora gegen ihn stellte. Doch löste Furiido das Siegel Soras, was Teile des Kyuubi-Chakras in ihm versiegelte, auf, damit Sora unkontrolliert alles zerstörte. Naruto & Co. versuchten ihn zu beruhigen, während Asuma sich um Furiido kümmerte, den er als Soras totgeglaubten Vater Kazuma wiedererkennt. Asuma kümmerte sich um Furiido während Naruto versuchte, Sora zu beruhigen, der sich in die vier-schwänzige Form verwandelte. Nach einem langem hin und her schaffte es Naruto, zu Sora vorzudringen, so dass dieser sich wieder zurückverwandelte und erkennt, dass er Freunde gefunden hat.

Als Orochimaru von Konohas Erfolg gegenüber Akatsuki hörte, fing er an, seine eigenen Pläne umzusetzen. Dafür ließ er von Kabuto eine Frau namens Guren und einen Jungen namens Yuukimaru zu sich holen. Konoha hat inzwischen den ungefähren Aufenthaltsort von Orochimaru herausgefunden, weshalb Kakashi, Kiba, Hinata und Shino diesen nun endgültig finden sollen. Naruto, der davon nichts weiß, will derweil mit Jiraiya wieder trainieren, um noch andere neue Jutsus neben Rasen Shuriken zu beherrschen. Orochimaru will sich mithilfe Yuukimarus die Kraft des drei-schwänzigen Bijuu Sanbi zu eigen machen, was Konoha mitbekommt, und so ihrerseits den Bijuu fangen wollen, um Orochimaru daran zu hindern. Um seinen Plan durchzusetzen, stellt Orochimaru Gurens Team auf. Auf Konohas Seite steht das Sanbi-Versiegelungs-Team, das Beschützer-Team 1 und das Beschützer-Team 2. Doch damit sind sie nicht die einzigen, die den Sanbi wollen: Akatsuki schickt ebenfalls Deidara und Tobi los. Nach zwei gescheiterten Versuchen des Versiegelungs-Teams und der Auflösung von Gurens Team (Guren lässt von ihrem bösen Plan ab, ihre Untergebenen werden vom Sanbi getötet) schafft es Deidara letztendlich sehr einfach, den Sanbi handlungsunfähig mitzunehmen.

Yamato, Naruto, Sakura und Sai haben von Tsunade den Auftrag das Kin-Jutsu von En no Gyouja, dem Anführer des Tsuchigumo-Clan zu schützen. Das Team begibt sich zum Versteck des Clans und trifft dort Hotaru, die Enkelin En no Gyoujas und ihres "Senseis" Utakata, der nicht ihr Sensei sein will. Sie erfahren, dass das Versteck von Team Akaboshi angegriffen wurde und Hotaru ins Dorf des Clan gehen soll. Sie ist im Dorf aber nicht gerade willkommen, ihr Onkel Shiranami aber heißt sie willkommen. Derweil tauchen einige Oi-Nin aus Kirigakure auf, um Utakata zu fangen. Dabei stellt sich heraus, dass er seinen Meister ausversehen getötet hat, als dieser versucht hat den Rokubi aus Utakata zu holen. Danach erfahren alle dann, dass En no Gyouja in Hotarus Rücken das Dohatsuten eingepflanzt hat. Kurz darauf wird Hotaru von Shiranami entführt, denn er will das Dohatsuten. Er kann es aber nicht kontrollieren und droht alles zu zerstören, aber Utakata verwandelt sich in seinen Bijuu und verhindert die Zerstörung. Nun war es vorbei und das Team Kakashi geht zurück nach Konoha, doch als es weg war tauchte Pain auf und besiegte Utakata. Doch Utakata kann mit letzter Kraft noch einen Abschiedsgruß anhand tausender Seifenblasen an Hotaru schicken.

Team Kakashi wird zum Dorf Tonika losgeschickt, welches angegriffen wurde, um zu untersuchen, wer der Angreifer war. Es stellt sich heraus, dass es Kabuto Yakushi war, welcher seine Edo Tensei-Krieger testen sowie an ein Geheimnis des Dorfes herankommen wollte. Es kommt zu einer kurzen Auseinandersetzung mit ihm, wobei er auch seine neue Schlangenart präsentiert mit der er sogar in der Lage war Hidan zu klonen. Heimlich schafft Kabuto es sogar Naruto mit den Schlangen zu infizieren. Nachdem Kabuto sich zurückzieht, reisen Naruto und die Anderen zum Nachbardorf Hacho um mehr herauszufinden. Dort begegnen sie den letzten Überlebenden des Tonika Dorfes Dokku, welcher es schaffte mehrere Kinder aus dem Dorf zu retten, doch mangelt es ihm stark an Selbstvertrauen. Wie sich herausstellt, übergab der Dorfälteste Dokku einen Schlüssel zu einer unglaublichen Macht, die in Tonika versiegelt wurde. Kabuto greift erneut an, dieses Mal jedoch mit einem Naruto Klon, welcher unkontrollierbar mit dem Kyuubi-Chakra umher wütet. Wie sich herausstellt, steckte der Dorfälteste von Hacho, Disonasu, mit Kabuto unter einer Decke. Gemeinsam entführen sie Naruto und Dokku und versuchen an die versiegelte Macht heranzukommen. Doch als sie die Macht erwecken, nimmt der Naruto-Klon diese auf und mutiert zu einem gewaltigen Monstrum. Naruto versucht diesen zu besiegen und greift auf das Kyuubi-Chakra zurück, kann sich dann aber selbst kaum noch kontrollieren und greift sogar seine Freunde an. Doch kann das Mädchen Miina Naruto wieder zu Besinnung bringen, worauf dieser in der Lage ist, das Chakra zu kontrollieren und seinen Klon zu besiegen. Der Hidan-Klon löst sich derweil auf, da die Schlangen instabil zu sein scheinen und Kabuto verschwindet wieder. Dokku hat derweil, gemeinsam mit seiner Freundin Shiseru, beschlossen die Kinder, die er gerettet hat zu adoptieren.