Handlung bis: Suche nach Tsunade

Alle Charaktere aus dem alten Teil außer Sasuke auf der 1. Stufe des Fluchmals wurden übernohmen

neue Charaktere: Kiba Inuzuka, Shino Aburame, Choji Akimichi, Ino Yamanaka, Tenten, Maito Gai, Kankuro, Temari, Orochimaru (versiegelt), Hiruzen Sarutobi, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Kabuto Yakushi, Tsunade, Shizune, Jiraiya, Kakashi Hatake (als Anbu), Dotou Kazahana (nur in der japanischen Version)

Kurzbeschreibung: Das Spiel hat große Verbesserungen bekommen da der Story Modus überarbeitet und erweitert wurde, neue Charaktere eingebaut, die Grafik verbessert und neue Techniken hinzugefügt wurden.