Außerhalb der Ninja-Ränge stehen die Nukenin (抜け忍) (verstoßene Shinobi). Sie haben sich gegen ihr Dorf gestellt oder ihr Dorf verraten und sind meist Kriminelle und Mörder, da viele von ihnen in ihren Dörfern fürchterliche Blutbäder veranstaltet haben (z.B. Itachi Uchiha), nach denen weltweit gefahndet wird. Sie stehen meist im Bingo-Buch.
Akatsuki ist eine Verbrecherorganisation, die aus besonders mächtigen, abtrünnigen Shinobi besteht.